通关一周目后，咱们会发现自己回到老家二楼，下楼就能见到老爸。他会贴心地送上一张船票，这可是开启二周目冒险的重要道具。接着电视新闻会播报一只神秘大鸟出现的消息，老妈会让咱们选择它的颜色，红色或蓝色会影响后续遇到的传说宝可梦种类。选好后别急着出门，博士会主动找上门帮咱们把图鉴升级成全国版，这样就能遇到更多种类的宝可梦了。
拿到船票后，建议先去凯那市坐船前往水静市，那里是对战开拓区的入口。上船前记得在招待所领取通行证，否则很多设施没法体验。对战开拓区有六个不同风格的挑战设施，比如对战塔、对战工厂等，每个设施都有独特的规则。比如对战工厂需要临时租用宝可梦作战，而对战金字塔则考验咱们在迷宫中的生存能力。打完这些设施不仅能获得象征成就的奖章，还能兑换稀有道具。
二周目最大的乐趣就是捕捉那些一周目遇不到的神兽。比如在梦之遗迹能遇到美梦神，带着特定道具还能触发特殊剧情。如果之前选了红色大鸟，野外会随机遇到拉帝欧斯；选了蓝色则是拉帝亚斯。另外别忘了去冠军之路深处，之前被索罗亚库挡住的路现在能走了，跟着它就能找到N之城的遗迹，里面藏着不少好东西。
比如去绿岭市的大吾家能拿到潜水技能，还能和他来一场对战；在鹿子镇的前作主角家里，对方妈妈会误以为孩子回来了，剧情温馨又带点小幽默。有些隐藏地点需要特殊技能才能进入，比如用吼吼鲸喷壶浇灌可疑的树，它会现出原形——原来是伪装成树的胡说树，解决它就能解锁新路径。
