司马懿是游戏后期的最终BOSS，他的综合属性是全游戏中最高的，武力值智力值以及速度值全都达到了顶尖武将的水平，其中250点的智力值仅仅只低于诸葛亮，并且速度值超过了全游戏所有武将，甚至比游戏中期出现的大蛇BOSS还要快，所以可以说是司马懿的速度超过了所有人类。并且在我们与他对战的时候还能见到他身上穿着的顶级装备，并且没有什么克制点，挑战起来是十分困难的，我们必须使用我们所能组成的最强队伍。
我们会前后两次遇到司马懿，第一次是他带队进攻我们，阵容为司马懿、张郃和徐晃以及夏侯威夏侯霸。查看司马懿的谋略时我们可以看到他拥有火神计、完复计、八卦阵、免击计以及暗杀计和解阵计，每种计谋都非常强大，并且其中威胁最大的就是这个暗杀计，有几率会直接秒杀我们的一个武将，因此我们在阵法的选择上一定要选鱼鳞阵，可以让地方的谋略成功率直接减半，这样一来司马懿的暗杀计基本就不会再发动成功了。
在第一次遇到司马懿的时候，武将方面我们一般只能选择诸葛亮加赵云加关羽加黄忠加张飞，并且诸葛亮还要带上洁厕剂，防止司马懿的解阵计破坏了我们的阵法导致被暗杀。
第二次在遇到司马懿时就是游戏的最后了，他的阵容会发生一些变化，夏侯威夏侯霸会变成司马师和司马昭，打起来更加困难，不过这个时候我们也已经解锁了所有可用的武将了，那么我们就可以选择使用诸葛亮加赵云加姜维加庞统加马良，如果道具充足的话那么每人带一本激石书，不管对方如何行动我们一直反复使用激石书就可以成功通过了。
