特权商店是当前获取老忍者唯一的常驻途径，开启特权商店的方法非常简单，只需要将特权等级达到V1就可以了。在特权商店的主页面可以看到四个板块，分别为特权忍者、特权道具、特权积分以及特权月直购。在特权忍者板块中可以兑换到自选的忍者碎片以及随机的忍者碎片，不管是自选还是随机都会在第二天进行刷新，所以如果想要固定获取到一名忍者碎片就需要点击忍者图标右上角的转换标志，这样到了第二天不管是自选忍者碎片还是随机忍者碎片都不会刷新成其他的忍者。
进入到自选忍者的购买页面之后点击右侧的忍者图标并消耗掉一张高招券就可以保存下来。当你把所选的忍者顺利保存下来之后，在该忍者的兑换板块的左上角就会显示自选标识并且不会被其他的随机忍者碎片代替。固定好忍者之后就可以发现在兑换界面标明了每天的最大购买次数，但是这里需要注意每日的最大购买次数会直接受到当前V特权等级的影响，从V1到V6每天仅限在特权商店购买两次忍者碎片，V7到V12每提高一级就可以额外得到一次购买忍者碎片的次数，从V13开始每升一级就可以额外增加两次最大购买次数。
如果你当前的V特权等级非常低，在自选忍者的配置页面一定在购买碎片之后点击一下下方的重置按钮，随后在其他配置中在选一次相同的忍者并使用高招券保存，这样做每天至少可以多购买6次忍者碎片。但是采用这种手段来提高获取忍者碎片的效率同样存在一个较为明显的缺陷，也就是每天需要浪费掉很多张高招券来保存自己选定的忍者。
在特权商店中出售的S忍以及A忍的价格分别为660金币以及400金币，当然如果随机刷出了活二代或者晓鼬这两个比较特殊的忍者，它们的出售价格分别为560金币以及500金币。如果在购买忍者碎片之前开启了超影服务，那么在特权商店中所有的道具价格都会以八折出售。超影服务分为基础班以及1尊享版，开通尊享版超影服务的价格也是基础版的两倍，不管是开通基础版还是尊享版的持续时间就是一个月。虽然可以节省一部分金币，但是这里仍然不建议开通超影服务。
