当主角的等级突破十一级之后才可以给魂骨升级，从十一级开始可以给一级的魂骨升级，往后主角每提升一级都可以给魂骨多升一级。在升级魂骨时可以选择的消耗材料有三种，分别为魂力、金币以及稀有材料。其中每将魂骨提升一级，所消耗的魂力等同于魂骨当前等级的一千倍。使用金币提升魂骨等级的话，提升一级的魂骨需要用掉五千金币，往后每多升以及都需要在前一级的基础上，额外用掉一千金币。
可以用来升级魂骨的稀有材料只有两种，包括魂晶碎屑以及十万年魂兽精魄。其中魂晶碎屑可以通过挑战魂兽副本收集到，也可以完成每日猎杀魂兽的魂师任务获取。而免费积攒十万年魂兽精魄只能通过星斗大森林慢慢刷取，这里就推荐主角的等级达到四十级及以上再去挑战星斗大森林，通关一把必定会掉落一到三个不等数量的魂兽精魄。在游戏商城中也可以直购升级魂骨的基础材料包，使用五百元宝就可以购买到一个魂晶礼包，打开之后必得五十个魂晶碎屑，非常适合用来快速提升低级的魂骨。
花费一千元宝也可以购买到一个十万年魂兽精魄，一个十万年魂兽精魄的效果相当于上百个魂晶碎屑。所以在元宝数量较为充裕的前提下，建议直购十万年魂兽精魄来提升魂骨等级。多余出来的魂骨还可以用来分解为基础魂力，每一级魂骨都会固定分级为一千点魂力。这样就可以将前中期用来过渡的魂骨直接分解掉，尤其是强化到较高等级的魂骨，将这些魂骨分掉之后就可以获取上万魂力。积攒足够的魂骨升级材料之后，最好优先将武器魂骨的等级拉满。
