除了血继界限和血继淘汰外的五大遁术几乎是互相有克制关系的，火遁、雷遁、水遁、土遁和风遁中想要评价哪个比较强还是要看角色自己使用。火遁毫无疑问是大爆发为主的，游戏里的火遁基本都是爆发型伤害，宇智波斑的毫火灭却拥有将近500万的伤害值，秽土转生的鼬大招天照对单的爆发力度在整个游戏中也是的属于顶尖的。忍战时期的带土火遁暴风乱舞和解开秽土转生状态的斑的毫火旋风都有着半个屏幕的范围，压制力和爆发力是火遁的优势。
雷遁主要是速度和破除防御，雷遁一般起手都比较快，卡卡西的雷切，四代雷影的突进在抢占先手上有明显的优势，大部分的雷遁技能都有一点穿透破防效果，还有麻痹这个小型控制状态，佐助的麒麟是雷遁伤害最高的了。水遁主要是抓取效果比较强，控制类较多，扉间的水龙弹的强行抓取可以打断对面的技能和连招，鬼鲛的大鲛弹技能可以吸附在对方角色上，想要躲避伤害几乎不可能，照美冥的巧雾之术可以限制对手的走位，寻找攻击时机。
土遁主要用于防御和格挡，土遁一般和木遁结合使用，一个可以加强防御，一个可以改变地形控场，这两个遁术伤害不是很高，需要依靠奥义和卷轴来补足。风遁是属于功能型的遁术，鸣人的螺旋手里剑可以破防，手鞠的斩斩舞范围很大，使用风遁的忍者较少，没有那么多的技能组合。
