口袋妖怪最后的火红遗迹山谷需先解锁七岛航线、集齐关键秘传技能并完成六岛前置剧情，从六岛南部用间合斩开路，按上、左、右、下顺序穿越洞穴迷宫即可进入，核心是解锁航线、备齐技能、走对迷宫路线。
进入遗迹山谷的核心前提是解锁七岛航线并集齐必备秘传技能。需先完成主线，将图鉴升级至386版，前往火焰山右侧山洞获取红宝石并交给博士，换取前往七岛的船票，解锁航线权限。同时队伍必须配置会冲浪、间合斩、劲力与登瀑布的宝可梦，冲浪用于跨水抵达六岛，间合斩用于清除入口障碍，劲力用于洞穴内推石解谜，登瀑布则是完成四岛冰洞挑战后获取，为后续探索铺路。未完成这些前置，即便抵达六岛也无法开启山谷入口或深入洞穴。
抵达六岛后需触发关键剧情并开辟入口通道。到达六岛后先前往宝可梦中心，与小茂对话触发剧情线索，明确遗迹山谷的方位与入口特征。随后前往六岛南部区域，此处有树木阻挡通路，使用间合斩砍断树木，即可打开通往遗迹山谷的小径，沿小径前行就能抵达山谷入口洞穴。整个过程需注意，六岛部分区域有训练家巡逻，可选择性对战或绕行，避免消耗过多宝可梦状态。
洞穴内部是多层迷宫，必须严格按上、左、右、下的顺序行进才能顺利到底层。进入洞穴后，先向上行进至第一个岔路，再左转沿通道前行，遇到第二个岔路后右转，最后沿下方通道直达底层，全程不能走错方向，否则会陷入循环或触发不必要的对战。迷宫中分布着岩石机关，需用劲力推动石块填入凹槽，开启隐藏通道，部分通道内藏有PP恢复药剂、解毒药等道具，可提前拾取备用。底层会触发蓝宝石抢夺剧情，抢夺者会留下火箭队仓库密码，这是后续推进五岛剧情的关键。
遗迹山谷除主线剧情外，还有不少隐藏玩法与实用细节。山谷外围草丛可捕捉派拉斯、口呆花等宝可梦，等级在35至40之间，适合补充队伍战力。洞穴内的密室内可遇到未知图腾，集齐不同形态可解锁额外收集奖励。完成山谷剧情后，返回博士处上交宝石可解锁通讯功能，开启更多隐藏区域探索权限。
