口袋妖怪火红开局首选妙蛙种子，其次是杰尼龟，小火龙则适合追求挑战的玩家选择。新手或追求高效通关的玩家，优先选择妙蛙种子能让前期冒险更顺畅。
妙蛙种子作为草毒双属性宝可梦，前期优势极为突出。对抗岩石系道馆小刚与水系道馆小霞时，都能凭借属性克制轻松取胜，大幅降低初期开荒难度。16级进化为妙蛙草，32级就能进化为妙蛙花，进化速度比另外两只初始宝可梦更快，能更早拥有完整战力。技能搭配实用性极强，终极吸取可在攻击时回复自身血量，污泥炸弹提供稳定毒系输出，还能掌握睡眠粉、寄生种子等控制与续航技能，在战斗中能打能抗能控，容错率极高。即便到了中期，面对电系、格斗系道馆也能保持稳定发挥，是贯穿前期到中期的核心战力。
杰尼龟是稳妥的平衡型选择。水系属性克制岩石系，挑战小刚时占据优势，面对小霞的水系宝可梦也不会被克制，前期不会陷入明显劣势。进化后特攻与防御数值优秀，能抗能打，泛用性强。最终进化为水箭龟后，可学习冲浪、冰冻光束等强力技能，秘传技冲浪既能用于战斗，也能在探索时横渡水域，实用价值高。整体没有明显短板，适合喜欢稳扎稳打、不愿冒风险的玩家，只是各方面能力都不算顶尖，后期容易被其他强力水系宝可梦替代。
小火龙属于大器晚成的选择。前期面对岩石系道馆存在四倍弱点，挑战小刚时极易被压制，挑战水系道馆小霞时也完全被属性克制，开荒过程十分艰难。需要花费大量时间练级，或依靠其他宝可梦辅助才能突破前期难关。但进化为喷火龙后实力大幅提升，火与飞行的双属性组合，拥有广泛的打击面，速度种族值出色，能频繁抢占先手。可学会钢翼、龙爪等补盲技能，应对多种属性敌人都有一战之力，后期对抗草系、冰系、虫系道馆表现亮眼。适合有一定游戏基础、能忍受前期挫折，或偏爱小火龙家族的玩家选择。
选择初始宝可梦时，还需结合后续队伍搭配规划。选妙蛙种子，后期可补充火系、飞行系宝可梦，弥补对抗火、超能力系道馆的不足。选杰尼龟，可搭配草系、电系宝可梦强化队伍覆盖范围。选小火龙，前期必须尽快捕捉凯西、绿毛虫等宝可梦过渡，避免卡关。初始宝可梦是冒险核心伙伴，结合自身玩法风格与通关需求选择，才能获得最佳游戏体验。
