纪念碑谷4个秘境分别藏在花园、隐寺、水宫、观象台四个关卡当中，不会在主线推进过程中自动显现，需要调整机关角度、寻找隐藏通道才能够触发解锁，全部属于游戏内的隐藏探索内容，不影响主线通关，但能够解锁特殊画面与音效彩蛋。
花园关卡的秘境处在主建筑右下角的凹陷夹层，完成主线通路拼接之后，不要直接走向终点，继续顺时针转动中心塔楼两格，墙体板块会向侧面滑开，露出一处隐蔽的置物台。角色走到夹层内部，触碰台面上的物件，就会触发独有的音效反馈。很多玩家通关时只拼出通关路径就直接离开，很容易错过这个位置，操作时不要快速拖拽旋钮，小幅度转动方便观察建筑边角的结构变化，避免直接跳过隐藏开启角度。隐寺关卡的秘境藏在浓雾笼罩建筑的后侧，踩下主线按钮升起塔顶之后，反向旋转建筑主体，背景浓雾会局部消散，露出被遮挡的狭窄台阶，顺着台阶行进可以抵达一处小型观景平台，这里没有任务道具，仅会改变场景的光影氛围。
水宫关卡的秘境利用重力翻转机制来开启，正常推进关卡，解锁墙面行走能力之后，把可移动的粉色构件挪至场景最左侧，让角色贴在建筑侧壁缓慢移动，留意水面上方悬空的暗门。暗门从正面视角完全不可见，只有切换到侧壁行走视角，才会显现出入口。进入秘境空间后，能够看到水面投射出特殊的几何倒影，没有解谜压力，只需要仔细切换视角，不要固定用常规平视角度观察场景。观象台关卡的秘境位于悬浮立方的底层，走完主线旋转立柱之后，反复来回转动立方结构，底层会开辟出一条向下的短通道，通道尽头可以看见整套关卡完整的背景全景，适合玩家挖掘美术细节。
寻找这四处秘境，核心玩法逻辑就是不要局限于通关的最优解。纪念碑谷依靠视错觉搭建关卡，绝大多数隐藏内容，都出现在机关非通关的角度上，主线通路连通之后，依旧可以继续旋转、滑动场景构件。遇到旋钮、滑块类交互物件，在完成解谜后多做几次小幅调整，仔细观察建筑缝隙、边角、背面与水面倒影。秘境没有收集弹窗提示，不会弹出成就，只能依靠画面、音效的变化判断是否触发成功。部分秘境入口通道非常窄，角色需要短距离分步点击移动，长距离点击会直接跳过隐藏路径，直接走向主线终点。
