疯狂动物园的特殊任务主要分为隐藏动物任务和boss任务两类，触发方式并不相同：隐藏动物需要在对应地图内完成指定动作，boss任务则要先满足地图、栖息地等级和普通任务数量条件，之后才会随机刷新。只重复进入地图或盲目奔跑，通常不能直接触发特殊任务；应先确认目标动物所属区域，再按条件完成对应操作。
隐藏动物任务的核心是一次跑酷中完成指定行为，达到条件后目标动物会在当前路线或后续路线中出现。前期可优先尝试稀树草原和丛林任务：机械秃鹫要求跑到1000米后的山坡顶部，并且属于随机出现；暗黑野牛要求连续骑乘同一只野牛达到700米；特洛伊斑马要求连续换乘7种不同动物；油炸狮要求使用同一只狮子连续吃掉30只动物；恐龙犀牛同样要求连续换乘7种动物。执行时要避免提前摔落、撞死或误换不符合条件的动物，否则连续计数可能无法完成。
BOSS任务需要按地图进度＋栖息地等级＋普通任务数量逐层解锁，数量条件通常是完成30＋5×已解锁BOSS数量个普通任务，达到门槛后新BOSS任务才会随机出现。例如鸵鸟老板要求到达稀树草原2，外星长颈鹿要求到达稀树草原3，骷髅象要求到达稀树草原5；双角兽（伪）要求进入山脉1并把山羊栖息地升到3级；野蛮绵羊要求进入澳洲1，同时绵羊栖息地达到6级、考拉栖息地达到2级。解锁前应先升级指定栖息地，再集中清理普通任务，避免只刷地图却没有刷新结果。
新手最有效的顺序是先推进地图，随后查看目标BOSS的栖息地要求，再用金币升级相关动物，最后连续完成普通任务；中期玩家可把隐藏动物和BOSS任务分开处理，跑隐藏任务时专注距离、换乘、吞食或特定时间，刷BOSS时则专注任务数量。若任务迟迟不出现，先检查是否进错地图、栖息地等级不足、普通任务数量未达门槛，或把隐藏动物条件误当成BOSS刷新条件。完成隐藏条件后还要继续保持跑酷状态，完成BOSS门槛后则需要等待随机刷新，不必反复重置存档或频繁切换地图。
