深空之眼是包含大量副本内容的游戏，副本划分成常驻资源副本、周常挑战副本、一次性探索副本以及版本限时副本四大类，贯穿玩家从新手开荒到后期养成的全部阶段，不同副本承担着不一样的养成与挑战作用，也是获取角色升级、刻印、钥从等核心资源的主要渠道。新手最先接触的是主线剧情类副本，跟随剧情推进逐步解锁各类资源副本入口，前期优先通关主线解锁战场清扫，这个常驻副本是刷取五星刻印的核心地点，随着管理员等级提升解锁更高难度关卡，关卡自带五星刻印保底机制，规划好体力投入可以避免前期资源浪费，快速凑齐过渡刻印套装，给前期主力修正者提升基础战力。
周常副本是中后期玩家每周需要重点完成的内容，主要包含黑区净化、梦境再构、多维变量三类，全部按照固定周期重置奖励。黑区净化偏向刻印材料产出，随着难度提升可以拿到黑曜沉淀，用来定向兑换想要的五星刻印，不用完全依靠副本随机掉落；梦境再构对队伍数量有要求，高难度阶段需要组建多支攻坚小队分别挑战不同BOSS，通关积攒的凭证可以兑换角色情报、高级赋能模块；多维变量带有肉鸽式随机buff机制，对局内挑选增益词条闯关，结算评分可以兑换通用五星钥从、技能点等稀缺养成物资，就算练度不高，选择普通难度也能拿满基础奖励。
除了周期性更新的副本，深空之眼还存在一次性通关类副本，像历战轮回、因果观测都属于这一类，不会定期刷新奖励，只要通关一次即可领取全部奖励，主要产出转移之辉、刻印熔铸材料。这类副本难度分层循序渐进，不用急于强行通关，角色练度提升之后再回头挑战即可，适合当做长期积攒抽卡资源的补充渠道。版本限时副本则会跟随新版本上线开启，例如联防协议副本，消耗体力刷取活动代币，兑换当期专属养成道具与限时刻印，遇到难度较高的关卡，还可以使用系统提供的试用角色完成通关，降低入门门槛。
玩家规划副本刷取节奏时，需要区分自身所处阶段，新手阶段优先把体力给到战场清扫副本，先成型一套能用的刻印，不用频繁冲击高难度周常副本；成型之后每周固定清空黑区净化、梦境再构、多维变量的奖励，体力按需分配给当期限时副本。多数副本没有硬性通关门槛，重在合理搭配修正者阵容，利用元素克制、连携奥义机制压低通关难度，不用盲目追求全部副本满难度通关，按照自身账号需求拿取对应奖励就足够。
