舰船是玩家进行星际探索、资源采集和战斗的核心单位，根据功能定位可分为战斗舰、工程舰和特殊功能舰三大类。战斗舰主要包括护卫舰、驱逐舰、巡洋舰、战列巡洋舰和航空母舰，每种舰船在舰队中承担不同角色。护卫舰作为小型舰船，指挥值需求低且成本低廉，前期是舰队输出主力，后期更多承担护航、反导、防空等辅助功能或吸引火力的炮灰角色。驱逐舰在游戏早期同样作为主力输出，火力优于护卫舰，能应对高护甲目标，但随着巡洋舰解锁会逐渐退出主力舞台，不过因其功能性仍占有一席之地，例如卫士与苔原级是游戏中重要的奶船，负责战场支援。
巡洋舰作为大型舰船，火力、血量和护甲相比驱逐舰有显著提升，普遍拥有5万以上耐久值，生存能力更强。巡洋舰种类丰富且定位多样，在游戏中后期成为舰队主力。战列巡洋舰是巡洋舰的强化版本，拥有更高耐久和护甲，但指挥值需求和生产时间大幅增加，通常不作为常规主力选择。航空母舰具备全游戏最高的血量和护甲，但移动速度最慢，主要功能是搭载战机和护航艇进行远程攻击，本身输出能力较弱但能成为战场攻坚的核心力量。航母的子型号通常强化载机能力，搭载强力战机后可显著改变战局。
特殊功能舰船包括侦查型、支援型和载机型等子型号，这些舰船通过强化特定功能来满足不同战术需求。侦查型舰船移动速度优势明显，常用于先遣舰队探索区域或为主力舰队提供曲率航行坐标。支援型舰船主要为舰队提供维修和补给功能，例如苔原级和卫士级维修船能有效延长舰队持续作战能力。载机型舰船通过搭载护航艇或战机增强火力，虽然自身输出有限但配合优质舰载机可形成强大战斗力。防空型舰船则专门针对敌方空中单位，配备对空武器系统以保护舰队免受战机威胁。
工程舰是资源采集的核心单位，分为大、中、小型三类，主要差异在于仓储容量和采集效率。工程舰没有战斗能力，但需要合理配置数量以保证资源产出效率。采矿平台可减少计划圈占用并提供采集加成，是资源管理的重要设施。运输舰如AC721通用型则负责物资转运和任务执行，升级仓库与动力系统能显著提升其效率。工程舰的部署需要结合资源点分布和同盟策略，优化采集路线可大幅提升资源获取速度。
舰船的功能性还体现在武器系统和战斗序列的差异化设计上。对舰型舰船优先攻击敌方战舰，配备高单发伤害武器以突破护甲；攻城型强化对建筑伤害能力，需在舰队保护下发挥作用；离子炮型依赖能量伤害，可无视护甲但受护盾克制。武器战斗序列决定了攻击优先级，合理利用这点可针对性克制敌方舰队。装甲型舰船通过强化护甲和能量抗性成为可靠前排，而输出型舰船需要中后排站位以保证生存。这种功能分化要求玩家在编队时兼顾火力配置、防御层次和战术目标。
