在游戏的主线剧情中，玩家需要以人类的身份在神秘的方舟中求生，并逐步揭露方舟的真相。但是，这个主线剧情并不是像其它游戏那样直接告诉你接下来要做什么，而是需要玩家自己去探索和发现。需要注意的。
首先要注意的是，要想触发主线剧情，即完成游戏，玩家需要达成三个条件，分别是：解锁所有的科技树，收集所有的生物，以及完成所有的Boss战斗。
对于科技树的解锁，这几乎是游戏进程的自然延伸。科技树的解锁几乎涵盖了所有的生存技术，从最基础的工具、武器，到建筑、甲胄，再到各种高级科技，只有解锁所有的科技树，才能达成第一个条件。
对于生物的收集，这也是游戏的一大特色。在方舟：生存进化中，玩家可以通过诱捕、驯化、繁殖等方式，去获取各种各样的生物，然后将这些生物用于坐骑、挖矿、搬运、战斗等各种用途。并且每种生物都有其独特的技能和特性，这也是游戏的魅力之一。
完成所有的Boss战斗。如果说前两个条件是游戏的自然延伸，那么Boss战斗就是游戏的高潮部分。在每个Boss战斗中，玩家都要使用他们驯化的生物，以及他们的策略和技巧来对抗强大的Boss。只有打败所有的Boss，才能解开方舟的真相，完成游戏。
值得一提的是，每一个接触到剧情的步骤都会有一篇“探员笔记”。这些笔记分别是来自三位探员——赫尔弗雷斯、爱玛和洛克维尔。这些笔记还原了一个科幻史诗般的故事，也成为触发主线剧情的必不可少的一部分。
在这个过程中，玩家不仅需要体验收集、狩猎、建造、研究技术等等方面的乐趣，更能感受到与强大生物进行激战的紧张刺激，解开方舟背后的真相以及探寻人类命运的浓厚情感。需要注意的是，方舟：生存进化的剧情线可能并不像其他游戏那样明确，而需要玩家们在自我探索的过程中一点一点地去解开。
方舟：生存进化的主线剧情是充满挑战和探索的，需要玩家们自己去解锁科技树，收集生物，以及击败所有的Boss，才能慢慢触发并完成。而在这个过程中，也充满了其它的乐趣和挑战。所以如果你是喜欢探索和挑战的玩家，那么方舟：生存进化的主线剧情绝对是你不能错过的。
