《英雄无敌5》序列在战术地图以及战斗场景的设计上都具有简洁明快的特点与一个庞大的神话世界和专属的英雄技能树。技能树是《英雄无敌5》中的一大革新，英雄的所有技能都统一放在技能树上，玩家可以选择立足于哪个树枝，每个决定都使得英雄的发展路径不同，这也是《英雄无敌5》为玩家定制个性化英雄的一种方式。
技能树由基础技能、高级技能和神话技能三个部分组成。基础技能是英雄的基本属性，包括力量、知识、速度等；高级技能是根据英雄的基础技能而发展出来的特别技能；而神话技能则是对英雄功法的提升和尚有待提高的达到顶峰态势的强化。
在《英雄无敌5》中，技能树的结构以青色代表攻击，黄色代表防御，红色代表法术，紫色代表战略，绿色代表探险，蓝色代表艺术，而神话技能则以金色显示。按技能的具体表现形式，技能又可以分为被动技能、主动技能以及一次性技能。
不同的英雄有不同的技能树分配，比如长于“战斗”的英雄的技能树上，攻击实力将更强大；专注于“探险”的英雄则可以让玩家更容易找到地图上的隐藏物品等。这使得英雄的个性更加鲜明，也让每次进入游戏都有不同的体验。
《英雄无敌5》中，每个英雄每升一级可以得到3技能点，玩家可以任意分配这些技能点。技能点分配的策略不同，英雄的发展方向也将截然不同。像早期就能获得强大攻击力的英雄既可以选择加强自己的强攻打法，也可以选择增加自己的防御能力，让自己变成“坦克”。
每个技能的提升均需付出一定数量的技能点，初级1点、中级2点、高级3点，神话技能则为4点。这要求玩家对技能点的使用要有深思熟虑的分配。
英雄无敌5的技能树系统让玩家可以自定义自己的英雄，使其更好地适应自己的战斗风格。每个英雄的技能树都有独特之处，提供了无数种混合和匹配的可能性，使得每场战斗都充满了未知和变数。
《英雄无敌5》的技能树系统不仅为每个英雄的发展提供了丰富多样的可能性，也让玩家可以根据自己的喜好和战斗需求定制出独特的英雄。此种设定使游戏的趣味性和可玩性大大提升，也使得《英雄无敌5》在策略游戏中独树一帜。
