在人类联盟这一主线中，关卡顺序一般根据剧情的发展趋势进行排列。刚开始的关卡，难度会相对较小，以便玩家熟悉游戏操作和规则。随着剧情的推进，关卡的难度也会逐渐提高，以适应玩家对于挑战的需求。人类联盟的关卡顺序大致上是中央集团、阿瑞斯、星云之战、黑暗王座、纷争与纷争II等。
神族这一主线的关卡顺序则相对比较独特，前几个关卡都是以协助盟友、攻击敌人为主要任务，这种排列方式旨在让玩家能够更好地熟悉神族的技能和单位。随着剧情的深入，神族的关卡顺序会变得较为复杂，需要玩家在执行主要任务的处理好多个副任务，才能达成最终目标。神族主线关卡顺序例如不死之躯、黑暗降临、盲目之眼、怒与愤慨、无极之战等。
在异虫族这一主线中，关卡顺序的排列方式以生存和发展为主，这与异虫族的种族特性——以数量和速度压倒敌人是相符的。别于之前的两种种族，异虫族的关卡顺序更注重即时性和快速反应。首个关卡就需要玩家在有限的时间内，扩张领地，完成开局的初步建设，然后以兵分多路，以足够的数量压制敌人。异虫族主线关卡顺序如区段3651、心脏、天启、宿命一战、尖峰等。
除了主线剧情关卡之外，在星际战甲中，还存在一些隐藏关卡和副关卡，这些关卡一般都和主线剧情关卡顺序相互穿插，旨在增加游戏的丰富性和可玩性。在完成某些关卡后，会解锁对应的隐藏关卡，而在隐藏关卡中，玩家可能会解锁新的单位或者能力，或者会获得一些特殊的游戏道具和资源，这些都为玩家在接下来的关卡中提供了更多的战术选择和战斗方式，星际战甲中的关卡顺序是根据各个种族的特性，结合剧情线的发展，进行有序的排列，以让玩家逐步适应游戏，提高游戏难度，并给玩家带来丰富和刺激的游戏体验。
