深空之眼的红点通常不是要求重新挑战关卡，而是任务奖励、邮件、活动页面、商店库存或新获得内容没有查看。最有效的处理方法是从主界面开始逐层点开：先进入右上角任务，领取日常、每周、剧情任务和已完成挑战的奖励；再打开邮箱，检查未读邮件、附件和活动奖励；最后查看左侧通行证、新人任务、进阶挑战等入口。进入一个带红点的页面后，还要继续查看其中的分页、子菜单和可领取按钮，外层红点往往只是被内层内容触发。
新玩家优先检查任务、通行证和教学奖励，中期玩家重点查看限时活动与常驻玩法，长期玩家则要补查商店、仓库、管理喵和派遣入口。任务界面中的日常、每周和剧情奖励需要手动领取，完成条件本身并不会自动清除红点；限时活动通常还会分为主活动、支线、角色试用、皮肤试用和活动商店，必须逐个进入并确认奖励是否已经拿走。仓库中的材料箱、兑换券等可使用物品也可能产生提示，打开或使用后再返回大厅检查。
养成类红点要按修正者—权钥—刻印—神格—管理喵的顺序排查。获得新修正者后，进入角色列表查看新角色、情报和教学训练；获得新权钥或刻印后，打开对应详情页，确认强化、突破、装备和方案页面中的红色提示；管理喵则要进入列表查看已满足解锁条件的单位。不要把红点误认为必须立即升级或消费资源，很多提示只要求进入详情页确认，是否培养、兑换或购买应根据当前队伍需求决定。部分养成界面存在多层分页，只点开总入口而没有点进具体角色或装备时，红点仍可能保留。
商店和活动红点应先查看免费内容，再决定是否消费。进入交易区、凭证置换、刻印研发、情报商店以及当前活动商店，逐页检查免费领取、每日刷新、限时兑换和已拥有道具；如果页面只是提示存在可购买商品，不代表必须买下才能消除红点，尤其不要为了清标记消耗移转之辉、金币或稀缺兑换券。右上角任务旁的邮箱和功能收纳入口也要一起检查，弥弥观测站的派遣完成奖励、签到奖励和未领取附件，可能造成看似属于任务入口的红点。
如果所有奖励都已领取、邮件已读、活动分页已打开，且红点在返回大厅后仍存在，通常属于界面显示异常，不需要重新通关支线或把已达成100%的关卡再打一遍。可以依次执行返回主界面—重新进入对应页面—关闭并重启游戏三步；仍无法消除时，等待客户端修复或通过客服反馈即可。官方曾修复过商店部分界面红点重复出现的问题，玩家社区也有支线完成度达到100%后红点仍残留的反馈，因此反复重打关卡通常没有实际作用。
