骷髅洞穴的入口位于沙漠地图左上角，要想来到沙漠，需要修复巴士站。进入骷髅洞穴也需要矿井下到120，拿到头骨钥匙才能打开大门。洞穴里没有层数限制，但也失去了电梯存档机制，每次来到沙漠下矿，都要从1层开始，中途回到入口，再次进入也是要从1层开始。骷髅洞穴中有着大量的铱矿石，怪物掉落物也会概率出现铱矿和铱锭，以及一些特殊物品。
像是五彩碎片、各类宝石、以及宝箱中能开来出的自动抚摸机，也绝对是值得玩家下矿的理由。通过农舍电视里的占卜节目，玩家就能知晓每日运气，在运气值较高的时候，二十多层的洞穴就可能出现铱矿石，不过越往后的层数，铱矿石的数量也是会更多，冲层也是为了能拿到更丰厚的铱矿资源。无论是用于熔炼成铱锭给工具升级，还是制作范围更大的洒水器，都是需要数量较多的铱矿。
骷髅洞穴内的敌人种类繁多，包括木乃伊、巨型史莱姆和各种飞行生物。这些敌人的掉落物品中，有助于提升玩家的战斗能力，击杀飞蛇和木乃伊也是能让玩家更快提升战斗技能的途径，单个击杀能增加20经验。随着玩家的冲层还能来到史前层，还会有恐龙怪出现，击杀后能大概率掉落骨头类古物，有时还能直接采集到恐龙蛋用于孵化养殖。冲层到达100层也是齐先生给玩家布置的一项任务，在完成任务后是能得到能量值上限的提升。
